상가에서 주택으로 용도 변경 시, 장기보유특별공제 혜택은 어떻게 달라질까요?

2025년 이후에는 거주 기간에 따라 공제가 구분되며, 주택 전환 후 2년 미만 거주한 주택의 경우 상가 보유 기간을 포함한 전체 기간에 대해 2%를 곱하여 30% 한도로 공제가 적용됩니다. 반면, 주택 전환 후 2년 이상 거주하여 1세대 1주택 요건을 충족한 경우에는 상가 보유 기간에 2%, 주택 보유 기간에 4%를 각각 곱한 후 두 공제율을 합하여 최대 40%까지 보유 기간 공제를 받을 수 있습니다. 또한, 거주 기간 공제는 주택 보유 기간 중 거주한 기간에 대해 매년 4%씩 최대 40%를 공제받아 합산 공제율이 최대 80%까지 가능합니다.

결국, 개정 세법의 취지는 양도 당시 현황이 주택이라면 주택에 적용되는 장기보유특별공제율을 기준으로 하되, 상가 보유 기간에는 상가에 적용되는 2%를 곱하여 계산한다는 의미입니다.

반대로 1주택을 상가로 용도 변경 후 양도하는 경우에는 장기보유특별공제가 어떻게 적용될까요? 과세 당국의 해석에 따르면, 이 경우 양도 당시 건물이 상가이므로 2%의 장기보유특별공제만 적용됩니다. 논리적으로 보면 상기 사례처럼 주택 사용 기간을 별도로 분할해 적용할 것처럼 보이지만, 국고주의 관점에서는 양도 당시 현황만을 보고 과세하는 것으로 해석됩니다.